試管嬰兒多胎妊娠率（雙胞胎以上）遠高于自然懷孕，多胎妊娠對母體和胎兒的不良影響是明確及巨大的，可以說試管嬰兒的首要危害就是多胎妊娠。

    自然情況下懷雙胞胎的幾率是1/90（約1.1%），三胎妊娠則為0.02%，但試管嬰兒的多胎率則達到30%左右，甚至出現過七胞胎、八胞胎，大規模的國外統計表明，多胎妊娠母嬰的總體情況比自然狀態下懷孕的要差，如32周前早產的發生率，單胎妊娠為1.2%，雙胎為5.1%，三胎激增到23.6%；出生7天內的新生兒死亡率，單胎為5.2%，雙胎為18.9%，三胎為26.7%。

    對于妊娠的母親來說，多胎妊娠也更危險，如妊娠高血壓的發生率，單胎妊娠為3.56%，多胎為9.87%；妊娠糖尿病的發生率，單胎妊娠為3.26%，多胎為3.66%。

    鑒于輔助生殖技術也存在很多不確定的風險，不可濫用輔助生殖技術，更不可將之作為生育多胎的手段。在漫長的自然進化中，人類已經形成非常完美的生殖機制，我們現在做的一切工作，是盡量模仿自然過程，克服自身不育的因素。但以目前的技術水平，試管嬰兒技術與人類的自然生殖機制還是有區別的。生殖過程中也會有一定的彈性：人類有自我修復功能（如皮膚刮傷后可以愈合），也許能幫助克服胚胎早期受到的醫療手段的影響。